FC Kontun johtokunta hoitaa seuran toimintaa ja taloutta. Johtokuntaan kuuluu puheenjohtajan lisäksi 8-10 jäsentä. Puheenjohtaja ja johtokunnan jäsenet valitaan seuran syyskokouksessa. Puheenjohtaja valitaan yhdeksi toimintavuodeksi ja muut johtokunnan jäsenet kahdeksi vuodeksi kerrallaan. Johtokunnan jäsenistä vähintään neljä on erovuoroisia syksyn vuosikokouksessa. Johtokunnan kokoukset pidetään pääsääntöisesti joka kuukauden ensimmäinen tiistai. Johtokunnan käsiteltäväksi toivottavat asiat tulee toimittaa huolellisesti valmisteltuina sähköpostitse johtokunnan puheenjohtajalle.
Seura pitää kaksi varsinaista kokousta vuosittain, kevät- ja syyskokouksen. Kokouksen ajan ja paikan määrää johtokunta. Asioista, joita seuran jäsenet haluavat kevät- tai syyskokouksissa käsiteltäviksi, on tehtävä johtokunnalle kirjallinen esitys viimeistään 10 päivää ennen kokousta.
Johtokunnan jäsenet:
Sami Leinonen, johtokunnan puheenjohtaja, sami.leinonen@fckontu.fi
Anne Kullström, johtokunnan varapuheenjohtaja, anne.kullstrom@fckontu.fi
Olli Venelampi, johtokunnan talousvastaava, olli.venelampi@fckontu.fi
Riikka Vartiainen, johtokunnan sihteeri, riikka.vartiainen@fckontu.fi
Pauli Räisä, johtokunnan jäsen, pauli.raisa@fckontu.fi
Mika Rajamäki, johtokunnan jäsen, mika.rajamaki@fckontu.fi
Aki Salminen, johtokunnan jäsen, aki.salminen@fckontu.fi
Ilkka Kanerva, johtokunnan jäsen, ilkka.kanerva@fckontu.fi