FC Kontun johtokunta hoitaa seuran toimintaa ja taloutta. Johtokuntaan kuuluu puheenjohtajan lisäksi 8-10 jäsentä. Puheenjohtaja ja johtokunnan jäsenet valitaan seuran syyskokouksessa. Puheenjohtaja valitaan yhdeksi toimintavuodeksi ja muut johtokunnan jäsenet kahdeksi vuodeksi kerrallaan. Johtokunnan jäsenistä vähintään neljä on erovuoroisia syksyn vuosikokouksessa. Johtokunnan kokoukset pidetään pääsääntöisesti joka kuukauden ensimmäinen tiistai. Johtokunnan käsiteltäväksi toivottavat asiat tulee toimittaa huolellisesti valmisteltuina sähköpostitse johtokunnan puheenjohtajalle.
Seura pitää kaksi varsinaista kokousta vuosittain, kevät- ja syyskokouksen. Kokouksen ajan ja paikan määrää johtokunta. Asioista, joita seuran jäsenet haluavat kevät- tai syyskokouksissa käsiteltäviksi, on tehtävä johtokunnalle kirjallinen esitys viimeistään 10 päivää ennen kokousta.
Johtokunnan jäsenet:
Sami Leinonen, puheenjohtaja, sami.leinonen@fckontu.fi
Anne Kullström, varapuheenjohtaja, anne.kullstrom@fckontu.fi
Olli Venelampi, talousvastaava, olli.venelampi@fckontu.fi
Riikka Vartiainen, sihteeri, riikka.vartiainen@fckontu.fi
Ilkka Kanerva, johtokunnan jäsen, ilkka.kanerva@fckontu.fi
Pauli Räisä, johtokunnan jäsen, pauli.raisa@fckontu.fi
Mika Rajamäki, johtokunnan jäsen, mika.rajamaki@fckontu.fi
Aki Salminen, johtokunnan jäsen, aki.salminen@fckontu.fi
Markku Rahkonen, johtokunnan jäsen, imarkku.rahkonen@fckontu.fi